Վաղարշապատը համեմատաբար կարճ ժամանակամիջոց է եղել Հայաստանի մայրաքաղաք, սակայն շնորհիվ հոգևոր-մշակութային նշանակության, հայության համար մայրաքաղաքից հետո դարձավ երկրորդ քաղաք:

Պատմական Վաղարշապատը գտնվում է Մեծ Հայքի Այրարատ աշխարհի Արագածոտն գավառում` Արարատյան դաշտում, որ հազարամյակներ շարունակ հայության քաղաքական-տնտեսական կենտրոնն է հանդիսացել:
Վաղարշապատի շրջակայքը հարուստ է հնավայրերով: Այն բնակեցված է եղել դեռևս նոր քարե դարում: Մասնավորապես, հայտնի բնակավայրեր էին Մեծամորը, որ տվյալ ժամանակամիջոցում Արարատյան դաշտի քաղաքական, տնտեսական և հոգևոր կենտրոնն էր, Մոխրաբլուրը, Թեղուտը, Հրեշ բլուրը…. Այս հնավայրերից հնագիտական պեղումների ժամանակ բազում գտածոներ են հայտնաբերել, որոնք վկայում են վաղնջական ժամանակներում զարգացած սոցիալ-տնտեսական հարաբերությունների մասին:
Մովսես Խորենացին հաղորդում է, որ քաղաքը տարածված էր Քասախ գետի և Շրեշ բլրի (ներկայումս` Ղուգոյի կոնդ) միջև: Այն հայտնի էր իր ամուր բերդով, և քանի որ գտնվում էր առևտրական ճանապարհներին, նաև` հարուստ առևտրով:
Միջնադարում Վաղարշապատը դարձավ Հայաստանի զարգացած քաղաքներից մեկը: Կառուցված էր հայկական քաղաքաշինական դասական` եռաքաղաք մոդելով: Քաղաքի վրա իշխող դիրք ուներ առանձին պարսպապատ միջնաբերդը, ապա նրա շուրջ սփռված էր շահաստանը` բուն քաղաքը` դարձյալ պարսպապատ, իսկ նրանից դուրս` արվարձանները:
Քաղաքի կենտրոնը շուկան էր համարվում, ու կենտրոնում էին տեղակայված քաղաքային կարևորագույն հաղորդակցությունները` քարավանատներ, իջևանատներ, խանութներ և այլն:
Բուն քաղաքում բնակչության տեղաբաշխումը մեծ մասմաբ կատարվում էր մասնագիտական կողմնորոշումից ելնելով` արհեստավորական թաղերով: Հայաստանում վաղնջական սովորույթ էր մասնագիտությունը փոխանցել հորից որդուն, հետևաբար, շատ են հայոց բնակավայրերում հանդիպում Պայտագործների փողոց, Զինագործների փողոց և այլն: Արհեստավորները շատ ժամանակ արհեստանոցի են վերածել իրենց տան փողոցին հարող հատվածն ու հենց տեղում նաև իրացրել իրենց արտադրանքը:
Վաղարշապատի մասին առաջին գրավոր վկայություններից մեկը վերաբերում է Արարատյան թագավորության գահակալ Ռուսա Բ-ին (մ.թ.ա. 685-645), որ այնտեղ ոռոգման համակարգ է կառուցել, այգիներ տնկել և ծաղկեցրել շրջապատը: Ռուսա Բ-ն իր արձանագրություններում Վաղարշապատի շրջակայքը կոչում է Կուտուրլինի:
Հետագայում քաղաքն այլ անվանումներ ստացավ` Արտեմիդ, համաձայն Մովսես Խորենացու, Վարդգեսավան, Նոր քաղաք Վաղարշապատ, ապա և Էջմիածին:
Չնայած այստեղ բնակավայր եղել է վաղնջական ժամանակներից, որպես քաղաք Վաղարշապատը հիմնադրվել է մ.թ.ա. VI դարում` հայոց Երվանդ Ա Սակավակյաց արքայի (մ. թ. ա. 570–560 թթ.) փեսայի` Մանուկ Վարդգեսի կողմից:
Խորենացին Վաղարշապատի կառուցման մասին գրում է. «Սա պարսպով պատեց նաև Վարդգեսի հզոր ավանը, որի մասին առասպելներն ասում են. «Գաղթական գնաց Վարդգես մանուկը Տուհաց գավառից, Քասախ գետի մոտ, եկավ ու նստավ Շրեշ բլրի մոտ, Արտեմիդ քաղքի, Քասախ գետի մոտ, Երվանդ արքայի դուռը թակելու»: Այս Երվանդ առաջինն է, Սակավակյացը, Հայկազունիներից, որի քրոջը Վարդգեսը կին առնելով` այս ավանը շինեց, որտեղ և Արշակունի Տիգրան միջինը նստեցրեց հրեա գերիների կեսը, որ և վաճառաշատ քաղաքագյուղ դարձավ: Այժմ Վաղարշը պատեց պարսպով և ամուր պատվարով և կոչեց Վաղարշապատ, որ (կոչվում է նաև) Նոր քաղաք»:
Վաղարշապատը, փաստորեն, Վաղարշ Ա-ի ժամանակներից (191-211) դարձել է հայոց մայրաքաղաք և ընդմիջումներով մայրաքաղաքի իր կարգավիճակը պահել մինչև IV դարի կեսերը: Քանի որ 301 թ. քրիստոնեության ընդունումից հետո Վաղարշապատը դարձավ հայության հոգևոր կենտրոնը, անգամ երբ կորցրեց մայրաքաղաքի կարգավիճակը, պահպանեց իր նշանակությունը որպես պետության երկրորդ քաղաք:
Համենայն դեպս, Տրդատ Գ արքայի գահակալման շրջանում հենց Վաղարշապատն էր հայոց մայրաքաղաքը, այդ պատճառով այն դարձավ նաև հայոց հոգևոր կենտրոնը, այստեղ հաստատվեց ամենայն հայոց կաթողիկոսարանը:
303 թ. հենց այստեղ` արքունիքի տարածքում Տրդատ Գ Արշակունի արքան (287-331) և Գրիգոր Ա Պարթևը կառուցեցին առաջին քրիստոնեական եկեղեցին` կործանելով մինչ այդ նրա տեղը կանգնած հեթանոսական տաճարը: Հետագայում, երբ Արտաշատը դարձյալ ստանձնեց հայոց մայրաքաղաքի դերը, Վաղարշապատի Արշակունիների արքայական պալատը վերածվեց վեհարանի:
405 թ. Մեսրոպ Մաշտոցը Վռամշապուհ Արշակունի արքայի հրամանով հենց այստեղ բացեց առաջին դպրոցը: Ավելի ուշ` V դարի 80-ական թթ., Ղազար Փարպեցի պատմիչը հենց Վաղարշապատում հիմնադրեց մատենադարանը:
Որպես մայրաքաղաք Վաղարշապատը ականատեսն էր թե՛ հայոց փառքին` մշակութային վերելքին, թե՛ նրա քաղաքական անկմանը: 387 թ.` Արշակ Գ Արշակունի արքայի օրոք, Վաղարշապատն էր հայոց մայրաքաղաքը, երբ Հայաստանը բաժանվեց Սասանյան Իրանի և Հռոմի միջև:
Մինչ այդ 364-368 թթ. հայ-պարսկական պատերազմների հետևանքով քաղաքը հիմնահատակ ավերվեց պարսից Շապուհ Բ Երկարակյաց արքայի (327-372) կողմից:
Հետագայում քաղաքը մեծապես տուժեց 450-451 թթ. Հայաստանում ծայր առած քաղաքացիական պատերազմի հետևանքով: Սակայն հետո հայոց սպարապետ և մարզպան Վահան Մամիկոնյանը քաղաքը մաքրում է ավերակներից, վերականգնում, նոր շինություններ կառուցում այնտեղ:
Բագրատունիների թագավորության շրջանում Վաղարշապատի կյանքում դարձյալ քիչ թե շատ աշխուժություն է նկատվում: Սակայն հայոց երբեմնի մայրաքաղաքն արդեն չուներ իր նախկին փառքը: Քաղաքը զրկվել էր նաև հայոց հոգևոր կենտրոնի կարգավիճակից, քանզի հայոց կաթողիկոսները, հետամուտ իրենց փառքին և քաղաքական նկատառումներին, իրենց աթոռը որպես կանոն հաստատում էին հայոց քաղաքական կենտրոններում կամ նրանցից ոչ հեռու: Շուտով հայոց կաթողիկոսությունը առհասարակ հեռացավ պատմական Հայաստանի տարածքից և հաստատվեց Կիլիկիայի հայոց թագավորությունում:
Զաքարյանների տիրապետության կործանումից հետո մոնղոլական արշավանքների ժամանակ Վաղարշապատը դարձավ աննշան գյուղակ:
Միայն 1441 թվականից, երբ դարձյալ հայոց կաթողիկոսությունը Կիլիկիայից վերահաստատվեց Հայաստանում` Վաղարշապատում, երբեմնի հայոց ոստանը նոր շունչ ստացավ:
Աստիճանաբար վերանորոգվեցին եկեղեցիները, վանքերը, երբեմնի քաղաքում ակտիվություն նկատվեց: Վաղարշապատում 1771 թ. Սիմեոն Երևանցի կաթողիկոսը բացեց Հայաստանում և տարածաշրջանում առաջին տպարանը, հինգ տարի անց` թղթի գործարանը: Հոգևոր կենտրոն լինելուց զատ, Վաղարշապատն աստիճանաբար վերածվեց նաև մշակութային կենտրոնի:
Մինչև ռուսների կողմից Արևելյան Հայաստանի գրավումը Վաղարշապատը և հայոց կաթողիկոսությունը, ըստ էության, նաև քաղաքական կենտրոնի դեր էին կատարում:

Վաղարշապատի ներկայիս հատակագիծը կազմել է Ալեքսանդր Թամանյանը 1925 թ.: